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> [Appel] - Aide à projet scientifique, Demande de conseils aux plus naturalistes d'entre vous
turok-rex
* Saturday 23 January 2010 à 17:44
Message #21


Red-Bull addict'


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Moi aussi je peu t'en filer, j'ai aux moins une dizaine de grosse colo aux alentours de chez moi.


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Jooj
* Sunday 24 January 2010 à 13:24
Message #22


Larve


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Merci à tous les deux pour ces propositions, j'en prend note et vous tiens au courant wink.gif .
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hugo
* Friday 29 January 2010 à 21:17
Message #23


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Soit oublions cette disgression sur les mutations accumulés sur les spermatozoïdes chez les hyménoptères sociaux.

Mais
CITATION
Sinon les gènes mâles n'évoluent pas au repos dans la spermathèque, pas plus que les gènes dans les ovaires de la femelle (évidemment il y a des mutations, mais tant qu'elles ne sont pas transmises aux générations suivantes...évolutivement elles n'existent pas).

mutation affectant les gamètes - pas transmises aux générations suivantes
ohlala laugh.gif

CITATION
les mutations accumulées transmises à la première descendance ne sont pas conservées pour la deuxième.

Par quel miracle ?

CITATION
comme je l'ai un peu évoqué précédemment, on se moque bien de ce qui se passe au sein d'un seul individu. Un génome évolue au fil des générations, jamais au sein d'un même individu (ça serait du Lamarckisme et non plus du Darwinisme)

C'est un sacré anachronisme d'opposer Lamarck à Darwin sur leur façon de considérer l'évolution du génome.
D'autant que fondamentalement, les idées de Darwin ne s'opposait pas à celle de Lamarck, Darwin a apporté une explication à la transmission des caractères la ou Lamarck n'en avait pas, mais tout deux étaient partisan de la transmission des caractères acquis ; c'est même Darwin, qui a développé la théorie de la pangenèse...
Quoi qu'il en soit, on peut bien considérer l'évolution du génome à toute les échelles, y compris celle du germoplasme des individus.

Tu ne pourras pas corréler la dissémination des nouveaux caractères à la longévité des reines. C'est extrêmement variable suivant les contraintes écologiques, les modes de dispersion, le mode de reproduction, la compétition... tout ca varie énormément chez les fourmis. De la, je ne vois pas en quoi tu devrais sélectionner une espèce à forte longévité chez les reine.

Sinon, pour en revenir à la recherche sur les fourmis, j'ai plutôt l'impression que la recherche sur l'évolution est la priorité actuelle. Beaucoup de travaux de taxo et de comportement qui sortent en ce moment, ont pour finalité d'être replacés dans le contexte évolutif.
En ce qui concerne l'étude de la longévité, c'est très porteur et il y a bien des gens qui travaillent dessus sur les fourmis (équipe Keller à Lausanne...). Il y a une synthèse intéressante de Olav Rueppel ,dans le dernier Organization of Insect Societies: From Genome to Sociocomplexity. Si ca t'intéresse.

hugo
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Jooj
* Saturday 30 January 2010 à 06:46
Message #24


Larve


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CITATION
mutation affectant les gamètes - pas transmises aux générations suivantes


Ne me fais pas dire ce que je n'ai pas dit wink.gif .

Je pense qu'on a juste du mal à se comprendre :
Evidemment que certaines mutations accumulées dans la lignée germinale seront transmises à la génération suivante (il en va du principe même de l'évolution), mais il ne s'agit que de certaines (rares, pour ne pas dire infimes) qui le seront effectivement.

Chez un animal lambda la majorité des mutations de la lignée germinale ne seront pas transmises, pour la simple et bonne raison que sur tes milliards de spermatozoïdes, seuls 2 ou 3 auront le privilège de participer au grand jeu de l'évolution (idem pour les ovules, dans une moindre mesure mais tout de même). Pour les fourmis, il y aura bien sûr plus de 2 ou 3 qui donneront un individus, mais il faut compter que la majorité d'entre eux serviront à produire un individus qui ne se reproduira jamais (ouvrières). Pire que ça, même pour gènes qui passent effectivement dans un individu reproducteur (gyne ou mâle), c'est loin d'être gagné : encore faudra-t-il que l'individu en question se reproduise (sinon ça revient à être une ouvrière stérile = du néant évolutif), ce qui ne concerne encore qu'une infime part des candidats (je ne vais pas t'apprendre que peu de gynes arrivent à réellement fonder une colonie après un essaimage).

Bref tout ça pour te dire que dans la spermathèque ou les ovaires d'un seul individu, un gène n'évolue pas stricto sensu. Je vais prendre un exemple :

Imagine un nombre qui évolue au fur et à mesure de tirages aléatoires de dés.

Génération 1 : Nombre = 0

On tire 10 dés. Sur ces 10 dés, on en sélectionne un seul et on l'additionne au Nombre. Hop, on imagine, on a sélectionné un dés qui indique le chiffre 3.

Génération 2 : Nombre = 3. Youhou, le nombre a évolué.

Maintenant on tire 10 000 dés. Sur ces 10 000 dés on en choisis encore qu'un seul et on l'ajoute au Nombre. On est tombé sur 4 !

Génération 3 : Nombre = 4+3 = 7. Youhou le nombre a encore évolué. Mais tiens, je sais pas si t'as remarqué, mais on a eu beau lancer 10 dés à la première génération et 10 000 à la seconde, au final le Nombre n'a pas tellement évolué plus.

C'est exactement le même principe avec les gènes (où le Nombre devient un nombre de mutations, pour simplifier). La fourmis aura beau vivre 30 ans et les gamètes qu'elle porte auront beau subir des milliards de mutations, au final celles qui comptent, c'est celles qui sont transmises (le dé qu'on sélectionne = les gamètes qui donneront effectivement un reproducteur qui sera apte à se reproduire lui même).

Bien sûr tu vas me dire, une reine aura plusieurs descendants, mais ça ne veut pas dire pour autant qu'on sélectionnera plus d'un dé pour ajouter au chiffre ! On reprend l'exemple, on tire 10 000 dés, et on sélectionne cette fois-ci deux dés. Pif pas poum, on tombe sur un 2 et un 6 :

Génération 4 : Nombre = 7 + 2 = 9 et Nombre bis = 7 + 6 = 13. On repart de 7, il n'y a aucune raison pour que les mutations du premier spermatozoïde s'ajoutent à celle du deuxième, les processus aléatoires de mutations qui s'opèrent sur eux sont indépendants les uns des autres !

C'est ce que je veux dire quand je dis que les mutations accumulées pour la première descendance ne sont pas conservées pour la deuxième (je ne parlais pas ici de deux générations qui s'enchaînent, mais de la descendance d'une reine lors de sa première année, et de la descendance de cette même reine lors de l'année suivante). J'espère que comme ça c'est plus clair wink.gif .

Tout ça c'est pour bien te faire comprendre une chose : qu'une même reine transmette un gène lors de sa première année d'existence ou lors de sa 30 ème année, ce gène n'aura pas plus évolué dans un cas que dans l'autre.
En fait pour tout te dire, ce que je raconte là est en réalité seulement valable pour les ovules dans notre exemple. Les mutations ne s'opèrent pas une fois que le spermatozoïde est formé (ce qui est le cas dans la spermathèque), elles s'opèrent lors de la spermatogénèse (grosso modo dû aux erreur lors des méioses et mitoses qui aboutissent à la formation du gamète fonctionnel), donc la "durée de vie" du spermatozoïde importe peu, au final, ils ont tous subis les même étapes pour être formés, donc ont tous subis un même nombre moyen de mutations. Après ce n'est que du stockage, comme dans une banque de sperme avec l'azote liquide, y a rien qui bouge a priori.

A chaque générations, chaque ovule et chaque spermatozoïde subit un nombre moyen de mutations (si pour telle espèce c'est 3,5 on tire un dés à 6 face, mais pour une autre espèce ça peut être un dés à 100 faces, 1000 faces...tout dépend de la fidélité des mécanismes de copie d'ADN, de l'efficacité des mécanismes de réparations, de la gamétogenèse propre à chaque espèces...).

Les ovules de la reine utilisés en début de sa vie n'auront pas subis moins de mutations que ceux utilisés à la fin de sa vie, tout le monde a été conçu pareil, tout le monde a autant de chances d'avoir accumulé des erreurs.


Je ne reviens pas trop sur le débat Darwininisme/Lamarckisme, j'ai simplement évoqué ça pour illustrer le fait qu'on ne peut raisonner que sur des générations et pas des individus.
Un exemple du Lamarckisme classique est le cou d'une girafe qui s'allonge à force d'essayer de manger les hautes feuilles des arbres : sous-entendu au début de sa vie où elle n'a pas trop essayée et n'a pas acquis ce caractère elle ne le transmettra pas, alors qu'à la fin de sa vie une fois le caractère long cou acquis elle pourrait le transmettre (nous renvoyant à l'exemple d'une reine au début ou à la fin de sa vie). Darwin a juste introduit en plus le principe de sélection naturelle, qui implique in fine le fait de ne devoir raisonner que sur des générations.


Sinon de l'intérêt de sélectionner un reine à forte longévité, c'est juste pour approximer très grossièrement le temps de génération (je sais, ce n'est pas aussi simple mais étant donné qu'il y a très peu de données fiables là dessus...). Puisque comme j'espère que tu l'as compris tout se passe sur des générations, il est évident et classique en évolution moléculaire que les espèces à générations courtes évoluent plus vite que celles à générations longues.
Ce qu'il y a d'assez spécial chez les fourmis, c'est que la reproduction est tellement étalée dans le temps que j'ai moi même du mal à savoir à quoi m'attendre. Habituellement une espèce atteint la maturité sexuelle, s'occupe ou pas de sa progéniture et meurt, là une reine peut produire des soeurs qui ont plus d'une dizaine d'année d'écart (et techniquement une jeune gyne peut donc dès sa naissance être arrière arrière grande tante).

En terme d'évolution génétique, c'est assez spécial et sans rentrer dans les détails je pense que ça peut expliquer la diversification rapide du groupe (outre leur succès écologique évident), puisqu'un même gène partant d'une reine peut 20 ans plus tard avoir en même temps une copie évoluée de +4-5 générations, et une copie de seulement +1 génération (la dernière sexuée produite). C'est un peu comme si on pouvait se reproduire avec nos arrières arrières arrières grands parents sur un plan génétique, c'est assez unique.

Bref je m'égare un peu là, tout ça c'est juste pour dire que je préfère les espèces longévives et monogynes pour éviter les cas spéciaux de certaines espèces polygynes qui font des générations de reines qui se relaient tous les ans.

Sinon merci pour la référence, et je suis bien de ton avis pour dire que la Recherche sur l'évolution est la priorité actuelle en myrmécologie, mais ça commence tout juste il faut bien se le dire (les premiers génomes sont en train de tout juste apparaître, ce qui correspond à plus d'une décennie de retard sur d'autres taxa très étudiés à ce niveau là, d'ailleurs le projet principal de ma thèse porte sur les mammifères, c'est moins risqué).

Je connais les travaux de Keller, mais à ma connaissance ils bossent plus sur les différences de longévité entre castes de la même espèce, ce n'est pas tellement le même sujet.


Edit : Mon labo n'est pas abonné à cette revue, je suis pas contre un pdf si tu l'as sous le coude.
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hugo
* Sunday 31 January 2010 à 22:02
Message #25


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salut

pour la première partie, réponse à mon troll (assumé mrgreen.gif ), on continuera en privé parceque je vais me faire taper sur les doigts si on joue aux dés ici...

CITATION
Sinon de l'intérêt de sélectionner un reine à forte longévité, c'est juste pour approximer très grossièrement le temps de génération (je sais, ce n'est pas aussi simple mais étant donné qu'il y a très peu de données fiables là dessus...).

Enfait, tu cherches simplement une espèce pour laquelle tu connais l'age de la colonie lors de la production de la première génération de sexués ? Je pense que c'est justement sur les colonies qui mettent des années avant de devenir matures, avec des reines à fortes longévité, que tu risques d'avoir la plus forte variabilité. C'est relativement facile de savoir quand apparait la première génération de sexués chez la plupart des espèces communes, puisque c'est assez rapide.

CITATION
Je connais les travaux de Keller, mais à ma connaissance ils bossent plus sur les différences de longévité entre castes de la même espèce, ce n'est pas tellement le même sujet.

C'est la base pour identifier les gènes responsables de la longévité exceptionnelle des reines, puisque ouvrières et reines héritent des mêmes gènes.

CITATION
Mon labo n'est pas abonné à cette revue, je suis pas contre un pdf si tu l'as sous le coude.

c'est un bouquin.
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Jooj
* Thursday 04 February 2010 à 00:05
Message #26


Larve


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CITATION(hugo @ lundi 01 février 2010 à 00:02) *
Enfait, tu cherches simplement une espèce pour laquelle tu connais l'age de la colonie lors de la production de la première génération de sexués ? Je pense que c'est justement sur les colonies qui mettent des années avant de devenir matures, avec des reines à fortes longévité, que tu risques d'avoir la plus forte variabilité. C'est relativement facile de savoir quand apparait la première génération de sexués chez la plupart des espèces communes, puisque c'est assez rapide.


Je veux bien des sources précises là dessus, si tu en as. Par exemple une fourmis commune à forte longévité comme Lasius niger, en combien de temps en moyenne est ce qu'elle produit ses premiers sexués ?

Sinon les premiers tests sur Crematogaster scutellaris sont positifs, on arrive à extraire facilement suffisamment d'ARN sur un seul individu, ce qui n'était pas gagné d'avance.
Néanmoins on réfléchit à changer d'espèces. En fait il y a vraiment trop peu d'études génétiques sur Crematogaster scutellaris et c'est difficile de défendre ce genre de choix quand on pose une candidature pour un financement.
Du coup on risque de prendre Lasius niger, quitte à sur-échantillonner et faire du bar-coding pour être sûr de l'identification.
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hugo
* Tuesday 16 February 2010 à 21:12
Message #27


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Le relevé de la plus grande longévité pour Lasius niger est de 28 ans en laboratoire, c'est bien célèbre

Kutter, H., 1977. Formicidae-Hymenoptera. Entomologisches Institut der ETH. 298 pp.
Keller, L. and H.K. Reeve, 1994. Genetic variability, queen number, and polyandry in social
Hymenoptera. Evolution 38: 694–704
Dumpert, K., 1978. Das Sozialleben der Ameisen. Verlag Paul Parey, Berlin and Hamburg. 253 pp.

Le temps moyen avant la première génération de sexués sur une espèce, qui a un habitat aussi diversifié et une répartition aussi large et bah... c'est une bonne question !
Surement pas le même entre celles qui vivent au Mexique sans diapause et celle qu'on a à Bruxelles sous la neige. Entre les populations ou il y a énormément de compétition à la fondation, avec vol de couvain et développement des colonies très rapide (jardins parisien par ex) et celles ou la compétition est bien plus réduite (sud de la France). Ce qu'on sait c'est qu'il faut plusieurs milliers d'individus pour en avoir, c'est une affaire de quelques années, peut-être juste une parfois qui sait smile.gif

Tu as une messagerie instantanée pour qu'on cause ?

PS :
Pour les durée de vie de quelques sp de fourmis :
Keller L., 1998. Queen lifespan and colony characteristics in ants and termites. Insectes Sociaux 45(3), 235-246.
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Jooj
* Wednesday 12 May 2010 à 15:19
Message #28


Larve


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Up du topic et nouvelles :

Les envois d'ouvrières peuvent commencer !

Pas mal de choses ont changées depuis mon premier message, mais en résumé notre équipe s'est tournée vers Messor barbarus (ARN très facile à extraire) à la place de Crematogaster scutellaris.

Plusieurs point sont à noter :

- Tous les envois généreusement faits par les membres du forum seront évidemment intégralement payés (et j'ai dit payés, pas remboursés, un transporteur privé viendra récupérer le colis où vous voulez) par le laboratoire.

- Toutes les colonies de Messor barbarus d'Europe nous intéressent, de préférence des grosses majors (entre 5 et 10 suffisent) pour des raison techniques.

- Merci à tous ceux qui sont prêts à nous aider dans ce projet de me signaler par message privé la localisation de leur colonie (nous avons déjà certaines localités), je leur communiquerai des détails si elle nous intéresse.


Merci d'avance à tous !
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Citrouille-Man
* Thursday 13 May 2010 à 14:54
Message #29


Gyne


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Vous prenez les spécimens d'élevage?
A niveau de la conservation, on met dans de l'alcool à combien?
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Jooj
* Thursday 13 May 2010 à 15:32
Message #30


Larve


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CITATION(Citrouille-Man @ jeudi 13 mai 2010 à 15:54) *
Vous prenez les spécimens d'élevage?
A niveau de la conservation, on met dans de l'alcool à combien?



On prend des spécimen d'élevage tant que l'origine géographique de la gyne est sûre et certaine !

Après j'ai oublié de re-préciser un truc : Les fourmis doivent être vivantes.
Donc procédure d'envoi normale comme pour les gynes, dans un tube (verre, plastique) avec un tout petit peu d'humidification. On peut fournir les tubes si vous n'en avez pas !
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Citrouille-Man
* Thursday 13 May 2010 à 16:12
Message #31


Gyne


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Ok, merci pour ces informations importantes.

Je ne pourrai donc probablement pas participer (on m'a donné la reine, je ne suis pour le moment pas certain de l'origine géographique mais j'arriverai peut-être à me renseigner), ça dépendra ensuite du lieu de mes vacances de cet été.

Pourquoi les Major sont-ils particulièrement intéressants?
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Tengu84
* Thursday 13 May 2010 à 16:32
Message #32


Major exclu


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CITATION(Citrouille-Man @ jeudi 13 mai 2010 à 17:12) *
Pourquoi les Major sont-ils particulièrement intéressants?


J'imagine que c'est leur taille... Plus gros, plus d'ARN...
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ich coh
* Thursday 13 May 2010 à 18:39
Message #33


Nymphe


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Je pense pouvoir vous aider, si vous le souhaitez.
Je suis à Montpellier et j'ais repéré plusieurs colonies de Messor barbarus j’en suis quasiment sur mais voici une photo au cas où.

http://yfrog.com/j0p1010257wj

http://yfrog.com/69p1010250sj

si ok je suis à disposition.
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Jooj
* Friday 14 May 2010 à 23:08
Message #34


Larve


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CITATION(ich coh @ jeudi 13 mai 2010 à 19:39) *
Je pense pouvoir vous aider, si vous le souhaitez.
Je suis à Montpellier et j'ais repéré plusieurs colonies de Messor barbarus j’en suis quasiment sur mais voici une photo au cas où.

http://yfrog.com/j0p1010257wj

http://yfrog.com/69p1010250sj

si ok je suis à disposition.


Argh, merci de ta propositon ich coh mais notre labo est justement situé à Montpellier et on en a déjà beaucoup wink.gif .

Sinon pour les majors, c'est effectivement tout simplement la taille qui les rend intéressantes.
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ich coh
* Friday 14 May 2010 à 23:35
Message #35


Nymphe


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ok thumbsup.gif
bonne chance victory.gif
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Vendetta
* Sunday 30 May 2010 à 11:01
Message #36


Média


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Bonjour

Je prends le post en route

Tu es au Cefe? Quelle équipe?

Quel est exactement le sujet de recherche vers lequel tu souhaiterais orienter ta thèse (parce que la génomique comparative, c'est vague wink.gif) ?
Avec les ARN, je suppose que vous allez faire du 454? Vous avez les moyens techniques pour lancer l'analyse à grande échelle des génomes derrière?
Sinon, quelque chose que je n'ai pas compris. Tu dis travailler sur des génomes animaux, principalement mammifères, donc tu te situes plutôt au niveau interspécifique. Pourquoi donc as-tu besoin d'échantillonner dans la population alors? Tu vas aussi regarder en intraspécifique?
Pour l'avoir fait il y a 2 ans, c'est très difficile de combiner les deux, mais ô combien intéressant!

Tu viens à smbe en juillet?

Tu n'as pas de sujet à Sibaghe? Tu vises quel financement?

Bon courage en tous cas

A bientôt


--------------------

Mon suivi de Tetramorium sp.


Pour jouer à Fourmizzz
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Jooj
* Wednesday 09 June 2010 à 10:42
Message #37


Larve


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Non je ne suis pas au cefe, je suis à l'ISEM wink.gif .
Sinon j'ai déjà le financement de ma thèse (concours de l'annéee dernière pour l'alloc ministérielle SIBAGHE) et le sujet est très bien défini, j'ai mis génomique comparative pour simplifier (je travaille plus précisément sur l'évolution du taux de GC chez les Mammifères).
Le projet "Fourmis" que je présente ici n'est pas sensé s'intégrer à proprement parler dans mon sujet de thèse, c'est juste un projet de l'équipe auquel je participe.

Sinon oui je serai à SMBE en juillet (avec mon poster), au plaisir de s'y croiser !

J'en profite pour upper le post et rappeler que les dons d'ouvrières Messor barbarus (et dans une moindre mesure, d'autres Messor voir d'Aphaenogaster) sont toujours valables et activement attendus !

Merci à tous smile.gif .
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Vendetta
* Wednesday 09 June 2010 à 11:09
Message #38


Média


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Ne travaillerais-tu pas avec Nico, Sylvain, Emmanuel et Laurana? mrgreen.gif
Donc plus ou moins avec mon équipe... blush2.gif
Jonathan?


--------------------

Mon suivi de Tetramorium sp.


Pour jouer à Fourmizzz
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Nolan
* Wednesday 09 June 2010 à 11:48
Message #39


Média


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Salut Jooj.
Tu cherches aussi d'autres Messor ?
Je peux te fournir des Structor en nombre. Je suis du coté de Lyon (à Reyrieux pour être précis wink.gif).
Mp si tu es intéressé.


--------------------
Suivi d'une colonie de Messor barbarus (reine de 2006)

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Jooj
* Wednesday 09 June 2010 à 19:46
Message #40


Larve


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CITATION(Vendetta @ mercredi 09 juin 2010 à 12:09) *
Ne travaillerais-tu pas avec Nico, Sylvain, Emmanuel et Laurana? mrgreen.gif
Donc plus ou moins avec mon équipe... blush2.gif
Jonathan?



Non de Zeus en plein dans le mile, je suis démasqué ph34r.gif . Mais qui es-tu (la photo ne dois pas être toi, ou alors j'ai de graves troubles visuels blink.gif ) ?

Sinon Nolan je suis très intéressé par tes Messor structor, je te contacte tout de suite par MP !
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