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Version complète: test de xper2 logiciel de determination
Acideformik.com > AcideFormik :: Observations des fourmis in natura > Identifications de fourmis
rouzejp
Bonjour à tous,

- si ce TOPIC n'est pas à sa place, merci à nos gentils modérateurs de le remettre sur les rails -

Etant bloqué dans mes bricolages par manque de composants, j'ai poursuivi mes investigations sur le net j'ai trouvé xper² logiciel d'identification open source création de l'université de Pierre et Marie Curie (Jussieu).
Disponible à : http://lis.snv.jussieu.fr/apps/xper2/index.shtml
Ce programme écrit en java est disponible pour windows, linux et MAC!!! en français, anglais et espagnol. Bref de quoi satisfaire tout le monde thumbsup.gif

Le but : Permettre une identification d'une espèce en parcourant une base de connaissances composée de descripteurs (petiole, gastre, aiguillon...), chacun ayant de 1 a n etats (une seule partie, deux parties pour le petiole par ex). Au fur et à mesure des réponses une selection des taxons (espèces) se fait pour parvenir à une détermination fiable.

Test :
Le logiciel s'installe facilement (runetime java -JRE - à installer).
Une interface graphique plaisante permet de définir la base de connaissances, chaque descripteur, chaque état possède une description (supportant les balises HTML) et la possibilité d'adjoindre une ou des illustrations (formats jpg, gif, png...). La saisie est vraiment facile et ergonomique.
La recherche d'identifcation se fait aussi facilement que la création de la base pour aboutir à une fiche imprimable reprenant toutes les infos sur le taxon ainsi que tous le cheminement ayant permis l'identification.
Une documentation est disponible sur le site ainsi qu'une base de démos (insectes d'eau), l'utilisation de celle-ci éclaire totalement l'utilisation du logiciel.

Conclusions :
Je suis totalement séduit par ce logiciel, point faible la constitution de la base de connaissances, cependant quoique que mymécologue très balbutiant worthy.gif j'ai utilisé le système de clef d'identification d'acideformik pour constituer un embryon de base (juste de quoi determiner 2 ou 3 espèces) ce qui a necessité pas mal d'aller-retour sur les pages du site wink.gif .
Ce système présente l'avantage de venir d'autorité scientifiques reconnues, d'etre gratuit et surtout d'etre utilisable hors ligne (ce qui n'est pas un mince attrait avec la banalisation des ultra portables).
Problème : monter la base ! enfin il est toujours possible de se limiter aux espèces locales, ce qui serait déjà génial.
A noter que l'Université de Jussieu est preneuse de bases de connaissances (une identification en ligne est possible). Je n'ai pas testé les possibilités d'import/export, mais il doit être possible de fusionner des bases (base france, quebec, baligique, suisse par ex.)
En ce qui me concerne, je vais tenté de compléter un peu ma base test (si vous avez des données sous une forme plus pratique pour une saisie je suis preneur biggrin.gif ) Naturellement mes données sont et seront disponibles pour tous les membres qui souhaitent tester ce logiciel.

A Bientôt.


Nota : xper² me semble suffisament souple pour s'adapter à de nombreuses formes de déterminations (mineralogie, botanique...)
hugo
effectivement, on était sur le point de coder une clef d'identification bis sur ce principe.
avec des critères comme présence de dôme, lignicole, très grande taille, très petite taille, couleur, biotope...

Mais c'est utopique. La systématique des fourmis se compliquent très vite dès qu'on atteint le genre, non ?
cékiki
Les fourmis s'adaptent. Ce qu'on trouve à 700m dans les Alpes le sera à 1000 m dans les Pyrénées. Ce qui est strictement calcicole dans la biblio trouvera un , des contre exemples par ailleurs. Selon l'altitude la couleur changera. Et au final il faudra toujours un détail morphologique à voir.
A la construction de la clé nous avions envisagé ce système. Lourd à mettre en place et subjectif. Déjà que les clés le sont car c'est parfois comparatif.
Bien vu dans ta recherche wink.gif Le principe existerait depuis longtemps.
rouzejp
CITATION(hugo @ vendredi 09 mai 2008 à 22:02) *
effectivement, on était sur le point de coder une clef d'identification bis sur ce principe.
avec des critères comme présence de dôme, lignicole, très grande taille, très petite taille, couleur, biotope...

Mais c'est utopique. La systématique des fourmis se compliquent très vite dès qu'on atteint le genre, non ?

Sans doute,
je regrette de n'être qu'un pauvre informaticien rolleyes.gif Il est vrai que nos fourmis sont un peu... diverses dance37yb.gif
Question de beotien :
Si on se limite aux espèces locales, combien de descriptifs seraient necessaires ? j'attends par la combien de pièces anatomiques extérieures...
Le travail pourrait d'ailleurs être progressif allant des sp les plus communes vers les plus rares
Ainsi sur : http://www.tela-botanica.org la

Base de Données Nomenclaturale de la Flore de France par Benoît Bock

comprend 55053 espèces et 12568 sous-espèces pas mal non ?

En tout cas, je cherche depuis un moment comment être réellement utile, si on peux m'indiquer ou trouver ou me fournir des données, je veux bien engager la saisie (j'ai 50 ans, j'espère qu'il me reste une vingtaine d'années, je devrais faire du boulot yahoo.gif - j'ai déja converti partiellement une nomemclature dewey de plus de 5000 items, l'avantage de ce genre de pensum, ça m'empèche de penser et donc de dire des conneries lol2.gif )
cékiki
Si tu le sens réellement, on peut essayer !
Je commence une liste d'items
- pétiole simple ou double
- thorax ridé, lisse, ponctué
- insertion du pétiole sur la gastre
- antenne 10 ,11, 12 articles ,moins de 10 articles
- mandibules avec 3 ...4 ...5 ...6 plus de dents
- mandibules en faux ou faucille
- couleur : thorax jaune , noir, noir brillant, bicolore, avec du rouge
- épaules carrées, arrondies
- poils sur l'occiput
- scape avec poils dressés, couchés, lisse
- -suture, creux entre l'épinotum et le mésonotum
- nid dans le bois
- nid dans la terre
- nid en dôme
- nid sous une pierre
- en altitude : 1000, 2000 m
- odeur
- forme du clypeus
- antenne avec une massue
- tête poilue partout partout
rouzejp
et voici sous forme de descripteurs hierarchisés:
1. petiole : { 1. une seule partie (pas de postpétiole) entre le thorax et le gastre., 2. Pétiole en deux parties, le pétiole et le postpétiole, entre le thorax et le gastre. }

2. gastre : { 1. Pétiole en deux parties, le pétiole et le postpétiole, entre le thorax et le gastre., 2. Gastre sans étranglement entre le premier et le second segment., 3. deuxième segment du gastre très grand les segments suivants sont repliés sous le premier }

3. aiguillon : { 1. Invisible, 2. Visible, 3. Particulièrement visible }

4. thorax : { 1. ridé, 2. lisse, 3. ponctué }
+ 9. thorax couleur : { 1. jaune, 2. noir, 3. noir brillant, 4. bicolore, 5. avec du rouge }

5. antenne : { 1. -10 articles, 2. 10 articles, 3. 11 articles, 4. 12 articles }
+ 15. massue : { 1. oui, 2. non }

6. mandibule : { 1. Etat 1, 2. Etat 2 }
+ 7. dents : { 1. 3, 2. 4, 3. 5, 4. 6, 5. plus de 6 }
+ 8. forme mandibule : { 1. en faux, 2. en faucille }

10. épaules : { 1. carrées, 2. arrondies }

11. scape : { 1. Etat 1, 2. Etat 2 }
+ 12. poils : { 1. dressés, 2. couchés, 3. lisse }

13. nid : { 1. dans le bois, 2. dans la terre, 3. dôme, 4. sous une pierre }

14. altitude : { 1. - de 1000m, 2. 1000m, 3. 2000m }

16. tête : { 1. Etat 1, 2. Etat 2 }
+ 17. poils sur la tête : { 1. lisse, 2. quelques, 3. partout }


et en prime une liste des taxons actuels (saisie très partielle)

Base : fourmis
12 Taxons
17 Descripteurs


======

Dolichoderinae, Formicinae, Ponerinae

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Poneromorphes

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Lasius niger- Lasius grandis

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Lasius cinereus

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Lasius platythorax

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Lasius emarginatus

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Lasius brunneus

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

groupe alienus

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

L. neglectus

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

L. piliferus, L. lasioides,

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Austrolasius : Lasius carniolicus

aiguillon : non décrit
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : non décrit
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : non décrit
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

======

Proceratium melinum

aiguillon : Particulièrement visible
altitude : non décrit
antenne : non décrit
dents : impossible
forme mandibule : impossible
gastre : deuxième segment du gastre très grand les segments suivants sont repliés sous le premier
mandibule : non décrit
massue : impossible
nid : non décrit
petiole : une seule partie (pas de postpétiole) entre le thorax et le gastre.
poils : impossible
poils sur la tête : impossible
scape : non décrit
thorax : non décrit
thorax couleur : impossible
tête : non décrit
épaules : non décrit

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Voila, il y a énormement de boulot, les données ci-dessus ne sont que celle des tests sur fourmis, les autres tests ont été fait sur la base insectes d'eau fournie.

Nota : dans xper² il ya les photos en plus dance37yb.gif


A+
hugo
descripteurs :
présence d'un dôme (ou nid) recouvert de brindilles (Formica des bois)

présence d'ailes (pour les sexués)

fourmis de très petite taille (PLagiolepis, Solenopsis,Tapinoma...) ou de très grande taille (Camponotus, Formica chez Formicinae par exemple)

présence de castes d'ouvrières dans la colonie (deux classes très marquées : Pheidole, des ouvrières de toute taille : Messor, Camponotus)

odeur d'une fourmi écrasée (citronnelle marqué : L.fuliginosus, beurre rance : Tapinoma)

gastre en forme de coeur avec photo à l'appui, pour identifier rapidement Crematogaster.

+ 9. thorax couleur : { 1. couleur jaune/orangé dominante, 2. entièrement noir, 4. entièrement rouge, 5. bicolore (rouge/orange-noir}
rouzejp
[quote name='hugo' date='samedi 10 mai 2008 à 07:30' post='84286']
descripteurs :
présence d'un dôme (ou nid) recouvert de brindilles (Formica des bois)...

Je vais inclure tout ça
Voici la méthode que je propose :
- je vais inclure au fur et à mesure les infos trouvées dans le forum
- la galerie devrait me fournir l'iconographie
- Il faut que je me trouve un bon bouquin de référence (si quelqu'un à des conseils...) -ma chère femme va encore raler, parceque les ouvrages un peu spécialisé, c'est pas gratuit (je me rappelle se tête quand j'avais acheté les "mergus" en aquario)
- Au fil de mes progrès, je mets à dispo une sauvegarde de la base pour ceux qui auraient envie de s'installer xper² (les fichiers sont du XML, c'est potentiellement récupérable pour d'autres applis assez facilement, donc de toute façon l'investissement ne sera pas perdu).

qu'en pensez vous ?


Nota : je suis vraiment un fondu de données : j'ai une base généalogique de plus de 100 000 individus constituée de fragment collectés de droite et de gauche, j'ai passé une bonne centaine d'heures (j'ai beaucoup de mal à m'endormir le soir) à dédoublonner mrgreen.gif puis mise à dispo sur le net.
rouzejp
Des nouvelles

Je suis en train de continuer à cogiter les descripteurs (Merci Bernard dance37yb.gif ) mais j'ai constitué une petite base de démo avec les clefs d'identification du site, si certains veulent tester le soft je peux leur fournir le zip de la base sans pb.
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